El Hospital virtual Valdecilla se constituye como una empresa pública del Gobierno de Cantabria con autonomía funcional y capacidad de gestión.
Tiene un Consejo de Administración presidido por la Vicepresidenta del Gobierno de Cantabria y Consejera de Sanidad y Servicios Sociales, Excma. Sra. María José Sáenz de Buruaga, y ocho consejeros.
Dentro de este Consejo está representado el Hospital Universitario Marqués de Valdecilla, la Universidad de Cantabria, la Fundación Marqués de Valdecilla, y el Center for Medical Simulation de Boston.
El consejo de Administración nombra un Director Ejecutivo, Ignacio del Moral, con la responsabilidad de ejecutar las deliberaciones en los Consejos de Administración.
En la labor directiva están también un director docente y un director de área quirúrgica, los doctores José María Maestre, y Carlos Palazuelos.